Модель структури АРМА побудовано за аналогом профільних європейських інституцій. Відповідно, важливі для роботи органу механізми внутрішнього контролю та управління ризиками також організовані на основі вимог і критеріїв, які діють в ЄС.

Згідно з Бюджетним кодексом України, усі розпорядники бюджетних коштів в особі їх керівників повинні організувати внутрішній контроль та забезпечити його здійснення в ефективний та законний спосіб, що має ґрунтуватися на принципах, визначених пунктом 3 Основних засад здійснення внутрішнього контролю розпорядниками бюджетних коштів, затверджених постановою Кабінету Міністрів України № 1062.

Керівник АРМА уповноважений обирати та впроваджувати відповідні механізми, застосовувати інструменти та методи управління, вживати організаційних заходів, що спрямовані на забезпечення виконання Нацагентством завдань і функцій, дотримання законності та ефективності використання бюджетних коштів і досягнення встановленої місії.

Важливо, що, відповідно до рішення Рахункової палати за результатами незалежного зовнішнього аудиту діяльності АРМА, система внутрішнього контролю в Агентстві відповідає встановленим вимогам.

З метою підвищення ефективності роботи АРМА, з урахуванням особливостей військового стану, протягом 2022 року проведено 14 комплексних внутрішніх аудитів та надано рекомендації за їх підсумками.

Окрім того, відповідно до рекомендацій Міністерства фінансів, оновлено нормативно-правові акти, які регулюють здійснення внутрішнього аудиту в АРМА.

Варто зазначити, що відповідальний за внутрішній аудит підрозділ ініціював та проводив перевірки у тому числі щодо випадків реалізації Нацагентством своїх функцій, які спричиняли суспільний резонанс, зокрема, щодо продажу на торгах арештованого майна.